Необходимо также иметь в виду, что любое воздействие на животное, включая все дрессировочные приемы, оказывает непосредственное влияние на различные уровни психики, а не только на формирование или угашение стереотипов. Обычным результатом практической коррекции поведения становится закрепление побочных связей поведения с второстепенными факторами – например, с местом, временем, стилем подачи команд или даже с одеждой партнера. Наиболее очевидна связь с социальным уровнем – воздействие на отношения с хозяином, а сам результат коррекции может зависеть, например, от того, с кем из членов хозяйской семьи находится собака. Предусмотреть и исключить влияние этих факторов почти невозможно ввиду их многообразия и сложных комбинаций между собой.

По существу, все методы коррекции поведения  имеют целью реформирование конкретной формы активности собаки, но одновременно затрагивают и механизмы психики, но это влияние не становится целенаправленным и не распространяется на реформирование процесса принятия решений. Непредсказуемость и почти случайность воздействий на разные структуры психики может свести к нулю ценность результатов, полученных в отношении конкретной формы поведения, поскольку непредвиденные цепочки следствий часто приводят к возникновению новых форм приспособительного и/или стрессового поведения.

Угашение нежелательного поведения обычно осуществляется за счет использования максимально приоритетной мотивации самосохранения (силовые воздействия и угрозы, исходящие от хозяина, выполняемые другими людьми или даже "объективизированные" при помощи различных устройств). Однако при этом не учитывается ни наличие других мотиваций, ни суммирование разных причин для активизации самосохранения и страха. Так, например, при коррекции разгромов квартиры в отсутствие хозяев при тревожных ожиданиях собаки (невроз одиночества) за счет шоковых методов или наказаний вполне вероятным исходом может стать не только появление других форм невроза одиночества, но и развитие неврастении различных степеней тяжести (вплоть до непроизвольного мочеиспускания при разных обстоятельствах). При "забивании" агрессивной собаки сам метод коррекции становится постоянным источником агрессии самозащиты и может привести к еще более тяжелым конфликтам.